Au moment du bilan de santé de la PAC, la Commission européenne a engagé une réforme de la gestion des risques en agriculture : risque climatique, risque économique, risque sanitaire et environnemental.

Elle a ouvert aux Etats membres la possibilité de mettre en place des fonds de mutualisation pour indemniser les pertes subies par les agriculteurs lors des crises sanitaires ou des accidents environnementaux.

Le mode de fonctionnement et le financement des fonds sont prévus dans les articles 36 et 38 du règlement FEADER.

L’article 26 de la loi de modernisation agricole de 2010 les a inscrit dans le code rural. Elle a rendu l’affiliation à un fonds obligatoire.

Les organisations agricoles et leurs associations spécialisées, conscientes à la fois de l’enjeu que représente la mobilisation de financements européens sur les  pertes économiques dues aux crises sanitaires et environnementales et de l’intérêt de mutualiser entre tous les agriculteurs des risques qui peuvent peser très lourdement sur les exploitations et les mettre en danger, se sont engagées dans la mise en place du FMSE.

Le FMSE a été agréé par arrêté du Ministre de l’agriculture, de l’agroalimentaire et de la forêt en date du 24 septembre 2013, après avis favorable du Conseil national de gestion des risques en agriculture et renouvelé le 20 octobre 2016, le 07 novembre 2019, puis le 16 février 2022.