Le FMSE est organisé en sections : la section Commune qui concerne l’ensemble des agriculteurs, et les sections spécialisées par secteur de production. 

Il existe aujourd’hui 12 sections spécialisées. 

D’autres filières de productions sont en cours de réflexion pour la mise en place de leur section : équine, apicole, conchylicole. Des réflexions sont aussi en cours pour intégrer les départements d’outre mer au sein du FMSE.